In uralten Zeiten bei der Entdeckung von Madeira wurde diese Siedlung Lugar da Ponta do Tristão getauft. Das Flussufer wurde Janela da Clara genannt und die höheren Gelände, gelegen zwischen Sitio dos Lamaceiros und Achadas da Cruz, hießen Ponta do Tristão.
Die aktuelle Benennung hängt zusammen mit dem ersten Besiedler von Porto Moniz, Francisco Moniz, der Älteste. Dieser Edelmann von der Algarve hat Lady Filipa da Câmara geheiratet, Enkeltochter von João Gonçalves Zarco, und war verantwortlich für die Kolonisierung von Porto Moniz, die am Ende des 16. Jahrhunderts angefangen hat. Zu dieser Zeit hat Francisco Moniz, die Kapelle von Nossa Senhora da Conceição errichtet, um der die Siedlung wuchs.
Gemäß historischem Archiv, war Francisco Moniz einer der ersten Bewohner von Porto Moniz, die von Landzuteilungen profitiert hat, von seinem Vater João Lourenço geerbt.
Porto Moniz ist eine der ältesten Pfarrgemeinden vom Norden der Insel. Ursprünglich war sie ein Teil von der Munizipalität von Machico, ähnlich wie bei anderen Pfarrgemeinden von der Nordseite. Als São Vicente im Jahre 1744 zur Munizipalität erhöht wurde, wurde Porto Moniz ein Bestandteil von der neuen Munizipalität.
Am 31. Oktober 1835, während der Regierungszeit von Königin Maria II, wurde die Pfarrgemeinde Porto Moniz zur Munizipalität erhöht, die mit der Siedlungen Seixal, Ribeira da Janela, Porto Moniz, Achadas da Cruz und Ponta do Pargo gestaltet war.
Allerdings im Jahre 1871 mit dem Anschluss von Ponta do Pargo in der Munizipalität von Calheta, wurde Porto Moniz auf vier Pfarrgemeinden reduziert.
Porto Moniz litt einige Rückzüge während seines Daseins als Munizipalität. Gemäß historischem Archiv wurde sie drei nacheinander folgenden Male abgestellt und wiedergegründet: im Jahre 1849 wurde sie ausgelöscht, um im Jahre 1855 wiedergegründet zu werden; zwölf Jahre später, im Jahre 1867 wurde sie wieder zusammen mit Câmara de Lobos und Santana ausgelöscht und 1871 wieder festgesetzt; endlich im Jahre 1895 wurde sie zum letzten Mal abgeschaltet, und drei Jahre später, genau am 13. Februar 1898 neu aufgesetzt.
Anfangs haben sich die Siedler der Rinderzucht, Getreidebau und Extraktion von Holz gewidmet. Ungefähr im 18. Jahrhundert war die Hauptaktivität der Weinbau und später Kartoffelanbau, der am 19. Jahrhundert die Grundlage für die Produktion und Ernährung war.
Heutzutage bietet die Munizipalität von Porto Moniz eine vielseitige Ökonomie, die neben dem primären Wirtschaftssektor, eine starke Entwicklung in der Touristikbranche registriert, insbesondere Hotels und Restaurants.
Zweifelsohne ist Porto Moniz eine der Munizipalitäten vom Archipel, die mehr Potential in der Touristik hat, mit guten Zugängen, Landschaftsbildern von unvergleichbarer Schönheit und zahlreichen touristischen Attraktionen.